لا تتخد المنصة من الشكل الهرمي آلية لسير اعمالها انما الهيكلية التي يتم الاعتماد عليها هي هيكلية أفقية تعتمد على السلاسة والمرونة في التحرك لانجاز العمل وايضا لاعطاء صلاحيات متساوية لجميع اعضاء المنصة وتتالف هيكلية المنصة من ثلاث اجسام رئيسية:
- المنصات المحلية:
مجموعة المنظمات والأفراد التي تمثل المجتمع المدني المنضوي ضمن نطاق جغرافي محدد في المنصة المدنية السورية وتعتبر كل منصة محلية هي سيدة نفسها.
- اللجنة الوطنية:
لجنة تطوعية تعتبر الموجه الرئيسي لعمل المنصة لضمان التعاون وضمان ان بناء المنصة يتم بشكل مؤسساتي ديمقراطي وشفاف وضمان فاعلية جميع المنظمات المشاركة في المنصة وضمان حقوقها في التمثيل والعمل. وينتهي عمل اللجنة التاسيسية بمجرد الانتهاء من بناء اللجنة الوطنية.
- السكرتارية التنفيذية:
تعتبر السكرتارية هي الأداة التنفيذية لعمل المنصة وهي تقوم بتنفيذ جميع القرارات والخطط التي تصدر عن اللجنة الوطنية ويقوم مركز المجتمع المدني والديمقراطية بدور السكرتارية الى حين الانتهاء من تنفيذ المشروع.